企业被税务稽查的原因多种多样，以下是一些常见的原因：
企业可能因为偷税漏税、虚开发票等违法行为被举报。内部员工、外部竞争对手、网络的恶意买家或者老板的仇人等都可能是举报人。
企业注册地与经营地不符、开票不规律或虚开发票等行为可能被税务机关查核。发票进项和销项不一致、资金往来异常也是违规的迹象。
税务机关会按比例随机抽查企业账目，分为定向和不定向两种。定向抽查基于特定条件，如税负率控制良好的企业可能被更多地抽查。不定向抽查则不设定条件，通过摇号确定待查对象。
公司如有未申报收入，应立即申报并缴税。未按规定期限缴税者将面临滞纳金处罚。
税务机关基于高风险纳税人信息分析和税务局安排的稽查任务，旨在打击逃税等违法行为。
金税四期系统的应用使得税务稽查更加智能化和高效化。系统通过对企业各项数据的监控和分析，能够及时发现异常情况并发出预警，如税负异常、关联交易、私卡收款等。
企业在经营过程中，如果与上下游企业存在关联关系，而这些企业被税务稽查并发现问题，那么企业也有可能被牵连进去。
财务报表上的每一个数据都反映着企业的情况，如库存商品金额异常、工资余额过大等。不合规不合理的财务报表就是在自曝其短。
进销项不一致、进项长期大于销项、申报金额与开票金额不一致等情形会被系统比对后弹出异常预警。
上游公司如果存在失联、出逃、虚开发票等情况，其开出的发票会直接被税务局系统跳出异常预警，影响下游公司。
有些公司还在私户收款，然后被客户举报不开票或是涉及到商业纠纷等情况被举报。
例如反复更正申报、增值税进项发票过高或过低、抵扣了一些不能抵扣的进项发票、申报个税工资与实际发放工资差距过大等问题，会被税务部门作为稽查对象。
企业税负率变动异常，长期低于同行业水平，可能成为税务局的重点关注对象。
企业的增值税发票增量与往期使用情况存在异常，或者新注册的企业税负低且大量领用增值税专用发票，也容易成为被税务约谈的导火索。
企业在税务系统申报的销售额、防伪税控中开票销售额以及财务申报表中销售额不一致，或者连续几个月出现零税负申报，这种情况也容易被列为风险纳税人。
公司员工数量多，经营地方大，但收入不匹配，税务局也会对企业产生怀疑。
如果企业员工长期工资低于一定标准，尤其是一些中高端人才较多的企业，员工的平均工资低，会被税务认为存在规避个人所得税。
综上所述，企业被税务稽查的原因多种多样，企业应规范管理，确保账目清晰，及时申报收入，避免违规行为，以降低被稽查的风险。
